1. 개요

관세청은 지난 2025. 7. 1. 보도자료를 통해 과세가격 신고자료(이하 ‘과세자료’) 제출의 효율성을 높이고, 정제된 과세자료를 통해 신고가격의 적정성을 보다 정교하게 관리하기 위한 제도를 단계적으로 도입한다고 밝혔습니다. 이번 제도 개선은 「관세평가 운영에 관한 고시」 개정을 통해 마련된 것으로, 2025. 9. 1. 이후 수입신고 분부터 적용되는 ‘과세자료 일괄제출 제도’의 도입을 주요 골자로 합니다.

기존에는 수입자가 동일 판매자로부터 같은 조건으로 반복하여 수입하는 경우에도 동일한 계약서나 가격산정 자료를 수입신고시마다 제출해야 했고, 과세자료의 제출 여부와 방식도 거래유형별로 명확히 구분되어 있지 않아, 수입기업과 신고 대리인에게 실무상 상당한 부담이 되고 있었습니다.

이에 따라 관세청은 반복적인 자료 제출을 연 1회로 통합하고, 거래유형별 제출자료를 명확히 규정하는 한편, 특수관계자 간 거래 등 주요 거래유형에 대해서는 가격결정방식을 구체적으로 기재하도록 하여 제도의 실효성과 예측가능성을 높이고자 하였습니다.

2. 과세가격 신고자료 일괄제출 제도의 주요 내용

제도의 개요 및 시행시기

과세자료 일괄제출 제도는, 과세자료 제출 대상 기업 중 아래 8개 유형에 해당하는 거래를 하는 기업의 경우에는 매년 1회, 분야별로 정해진 과세자료를 1개 이상 제출하도록 하는 것으로, 동일 판매자로부터 ‘같은 조건’으로 반복하여 수입하는 경우에는 매년 최초 수입신고 건에 대해서만 과세자료를 제출하고, 이후 신고 건은 자료가 제출된 최초 수입신고번호만 기재하면 과세자료의 제출을 생략하는 제도입니다.

이때 '같은 조건'이란 반드시 동일한 품목을 의미하지는 않습니다. 정산방식, 권리사용료 구조 등이 동일하여, 이를 동일한 과세자료(계약서, 내역서 등)로 입증할 수 있는 경우에는 품목이 상이하더라도 같은 조건의 수입거래로 간주됩니다.

한편, 아래 8개 분야의 거래 사실이 없는 기업의 경우에는 가격신고서와 함께 ‘과세자료 미제출 사유서(관세평가 운영에 관한 고시 별지 제38호 서식)’를 제출하는 것으로 자료 제출을 갈음할 수 있습니다. 본 제도는 2025년 9월 1일 수입신고 분부터 적용됩니다.

제출 대상 및 면제 요건

과세자료 일괄제출 제도의 적용 대상은 아래 8개 분야 중 하나 이상에 해당하는 수입거래의 경우인데, 이는 가격의 조정이 수반되거나 거래 구조가 복잡하여, 과세가격의 적정성을 객관적으로 검증할 필요가 높은 유형입니다.

아래 8개 분야에 해당하는 거래에 대해서는, 각 거래 유형별로 규정된 다음의 과세자료 중 1개 이상을 제출해야 합니다.

[표: 분야별 과세가격결정자료 제출 대상]¹

한편, 다음의 요건을 충족하는 납세자는 과세자료 제출이 면제됩니다.

• AEO(수출입 안전관리 우수 공인업체)로 인증된 기업(수입부문에 한함)
• ACVA(특수관계자 간 과세가격 결정방법 사전심사)를 받은 물품
• 전년도 납부세액이 5억 원 미만인 기업(유니패스 사이트 ‘제세납부실적’ 조회하여 확인)

즉, AEO, ACVA와 같은 관세청 납세협력 프로그램에 참여한 기업이나 전년도 납세실적이 5억 원 미만인 기업에 대해서는 과세자료 제출이 면제됩니다. 그 외의 기업은 원칙적으로 과세자료 제출 대상인데, 특히 위 8개 분야에 해당하는 거래에 대해서는 1개 이상의 과세자료를 반드시 제출하여야 하고, 8개 분야의 거래 사실이 없는 경우에는 가격신고서와 함께 그러한 내용의 ‘과세자료 미제출 사유서’를 제출하는 것으로 자료 제출을 갈음할 수 있습니다.

과세자료 사후 제출 허용

과세자료 준비에 시간이 소요되거나, 해외 본사 등 거래 상대방으로부터의 자료 수령이 지연되는 사례를 고려하여, 과세자료의 사후 제출이 일정 범위 내에서 허용됩니다. 납세자가 가격신고 시 과세자료를 함께 제출할 수 없는 경우, ‘과세자료 지연 제출 사유서’를 제출하면 통관 후 30일 이내에 과세자료를 제출하도록 허용합니다.

통관 이후 과세자료 제출요구

세관은 납세자가 제출한 과세자료 혹은 미제출 사유서를 살펴보고, 가령 미제출 사유의 확인을 위해 필요하다고 인정하는 경우 등 추가적인 사실확인이 필요하면 20일 이상의 기한을 부여하면서 자료제출 요구를 할 수 있습니다.

과세자료 미제출시 제재

납세자가 세관의 과세자료 제출 요구를 2회 이상 받았음에도 자료를 제출하지 않거나 부수적인 자료만 제출하는 등 비협조적인 태도를 보이는 경우, 세관은 월별납부업체 승인 취소, 담보제공 생략 중지, 비정기 관세조사 우선 선정 등 제재 조치를 취할 수 있습니다. 

따라서 납세자는 과세자료 제출 대상 여부를 사전에 명확히 검토하고, 제출이 필요한 경우에는 기한 내에 정확한 자료를 갖추어 제출해야 하며, 부득이하게 제출이 어려운 경우에도 적법한 절차에 따라 지연제출 사유를 성실히 소명할 필요가 있습니다.

3. 시사점 및 기업의 유의사항

이번 과세가격 신고제도 개편을 통해 위 8개 유형의 거래에 대하여 과세자료 일괄제출 제도가 도입됨에 따라 기업의 자료 반복 제출의 부담은 완화되었지만, 제출되는 자료의 정확성은 한층 더 중요해졌습니다. 따라서 해당 유형의 거래에 대해서는 계약서·가격산정 방식 관련 증빙 등을 사전에 잘 구비해 둘 필요가 있습니다.

또한, 품목이 상이하더라도 동일한 과세자료로 입증이 가능한 경우에는 같은 조건의 수입거래로 간주되어 과세자료 일괄제출 제도가 적용되나, 조건이 일부라도 변경되었거나, 같은 조건의 거래임이 객관적으로 입증되지 않은 경우에는 과세자료 제출이 다시 요구될 수 있으므로, 품목이 상이한 경우에는 동일한 조건 하에 반복적으로 이루어지는 거래로 볼 수 있는지 그 범위와 요건을 잘 따져서 내부적으로 명확히 관리할 필요가 있습니다.

아울러, 「관세평가 운영에 관한 고시」와 더불어 「과세자료 확보에 관한 훈령」 또한 개정되었음에 주목할 필요가 있습니다. 해당 훈령 개정으로 세관장은 관세조사가 아니더라도 가격신고 단계에서 과세자료 제출을 요구할 수 있게 되었고, 과세자료 제출의무를 이행하지 않은 기업에 대해 월별납부 승인 취소, 담보제공 생략 중지, 비정기 관세조사 선정 등의 제재조치를 내릴 수 있게 되었습니다. 이는 가격신고와 통관 절차가 간소화된 만큼 사후 검증은 더욱 정교하고 엄격하게 진행될 것임을 의미합니다.

결국 이번 개편은 과세자료 제출 절차를 간소화하는 대신, 불성실한 신고에 대해서는 한층 더 강화된 제재수단을 도입하겠다는 관세청의 정책 방향이 반영된 것입니다.

따라서 기업들은 과세자료 일괄제출 대상인지, 즉 8개 유형에 해당하는 거래가 있는지를 정확히 파악하고, 관련 과세자료를 미리 준비해야 합니다. 이 과정에서 일괄제출 대상 여부나 과세자료 제출의 구체적인 범위 등에 실무상 혼란이 있을 수 있으니, 외부 전문가의 도움을 받아 선제적으로 리스크에 대응하는 것을 권해 드립니다.

¹  최초 가격신고건의 송품장과 수입물품 구매계약서는 필수적으로 제출하여야 합니다.