정부는 2025. 7. 31. 세제발전심의위원회를 개최하고 ‘2025년 세제개편안(이하 ‘개편안’)’을 발표하였습니다.  정부는 ‘진짜 성장을 위한 공평하고 효율적인 세제’를 비전으로 제시하고, ① 경제강국 도약 지원, ② 민생 안정을 위한 포용적 세제, ③ 세입기반 확충 및 제도 합리화를 3대 추진 목표로 설정하였습니다.  법인과세 분야의 경우 국가전략기술 및 신성장∙원천기술 범위확대, 지방이전기업 세제지원제도 개선, 법인세율 환원 등이 주요 개정사항에 포함되었습니다.

개편안은 입법예고와 국무회의 의결 등을 거쳐 2025년 9월초 정기국회에 제출될 예정이므로 향후 이러한 입법 과정 및 국회에서의 구체적 논의 경과를 주시할 필요가 있습니다.

1. 주요 개정사항

가. 미래전략사업 지원 강화

(1) 인공지능 및 미래형 운송이동 기술과 시설에 대한 세액공제 신설ㆍ확대

정부는 미래전략사업에 대한 지원을 강화하기 위해 주요 인공지능(AI)기술 및 미래형 운송이동 기술들을 국가전략기술 세부기술에, 인공지능 서비스를 위한 데이터센터 등을 통합투자 세액공제 대상 사업화시설에 포함시킴으로써 위 미래전략사업에 대한 비용 또는 투자에 대해 R&D비용 세액공제 및 통합투자 세액공제를 받을 수 있도록 하는 개편안을 마련하였습니다.

동 개편안은 2025. 7. 1. 이후 발생하는 비용 또는 투자분부터 적용되며, 다만 인공지능 분야와 미래형 운송∙이동수단 분야 중 인공지능형 자율운항과 관련된 세부기술∙사업화시설의 경우에는 2025. 1. 1. 이후 발생하는 비용 또는 투자분부터 적용됩니다.

(2) 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제 신설

정부는 웹툰콘텐츠산업의 글로벌 경쟁력 강화를 지원하기 위해 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 소득∙법인세 세액공제 제도를 신설했습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 발생하는 비용분부터 적용되며, 적용기한은 2028. 12. 31.입니다.

(3) 우수 선∙화주기업 세제지원 개선

현행 제도에서는 우수 선화주기업 인증을 받은 국제물류주선업자에 대해 외항 정기화물운송사업자에게 지출한 운송비용의 일정비율(운송비용의 1% 및 전년대비 증가액의 3%)을 세액공제하고 있습니다.

정부는 물류안보 및 공급망 안정성 지원을 목적으로 중요도가 높은 원양노선 이용에 대한 유인을 강화하기 위해 원양노선 운송비용에 대한 1%의 추가 공제를 신설하고, 운송 실적 기준을 상대적으로 변동성이 낮은 물동량 기준으로 변경해 화주기업의 예측가능성을 제고할 수 있는 개편안을 마련하였습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용됩니다.

나. 통합고용세액공제 제도의 개선 

정부는 고용 유지 시 더 높은 공제혜택을 부여하도록 사후관리 방식을 전환하여 납세협력비용을 경감하고, 점증 형태의 공제액 구조를 통해 기업의 고용유지 유인을 강화하는 방식으로 통합고용세액공제 제도를 개편하는 안을 마련하였습니다.

① (공제구조) 고용 감소 시 추징 방식에서 고용 유지 시 2~3년차에 더 높은 공제액을 적용하는 방식으로 공제액 구조 재설계.  상시근로자 판단기준도 근로계약 기간 1년 이상에서 실제 근로기간 1년 이상으로 전환

* 청년(15~34세), 장애인, 60세 이상, 경력단절 근로자 등

② (공제요건) 중견·대기업의 경우 최소고용증가 인원수(중견기업 5명, 대기업 10명)를 초과하여 고용이 증가한 경우 그 초과분에 대해서만 공제 적용

③ (사후관리) 고용증가 인원 중 일부 고용 감소 시 고용 유지분에 대한 공제는 유지 (현재는 고용 감소분에 대해 공제액 전액 추징 및 고용이 감소한 해부터 공제 전액 배제)

④ (추가공제) 육아휴직 복귀자에 대한 추가공제(중견기업 900만원, 중소기업 1,300만원) 적용기한 1년 연장

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용하며, 2025. 12. 31. 이전 개시하는 과세연도의 상시근로자 증가분에 대한 세액공제는 종전 규정을 적용합니다.

다. 해외진출기업에 대한 세제지원 확대

(1) 해외진출기업의 국내 복귀 세제지원 강화

현행 제도는 해외진출기업이 국외사업장 폐쇄∙축소 후 국내 복귀시 소득세∙법인세∙관세를 감면하며, 완전복귀와 달리 부분복귀의 경우 국외사업장 축소 완료 이전에 국내복귀하는 경우에는 감면을 배제하고 있습니다.

정부는 기업이 급격한 통상환경 변화에 탄력적으로 대응할 수 있도록 다양한 유턴형태에 대해 지원가능하도록 제도를 개선하여, 국외사업장 축소완료 이전에 국내로 복귀한 후, 사후적으로 국외사업장을 축소완료하는 경우도 세액감면을 적용하는 개편안을 마련하였습니다.  다만 4년 내에 축소 완료하지 않는 경우에는 감면세액을 추징합니다.

동 개편안의 경우 소득∙법인세는 2026. 1. 1. 이후 국내사업장을 신∙증설하는 분부터 적용되며, 관세는 시행령 시행일 이후 국내사업장을 신∙증설하기 위하여 수입신고하는 분부터 적용됩니다.

(2) 외국법인에 대한 외국자회사 주식의 현물출자 과세특례 신설

해외사업 구조조정 지원을 위해 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자하는 경우 양도차익을 과세이연하는 특례를 신설했습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 현물출자하는 분부터 적용됩니다.

라. 지방이전 기업 세제지원 제도 개선

정부는 인구감소지역 등 낙후지역으로의  공장∙본사 이전 유인을 강화하고 적극적인 투자∙고용 확대를 유도하기 위하여, 공장∙본사 지방이전 기업에 대한 세액감면의 적용대상∙기간을 확대하고, 지방이전 기업의 지방에 대한 투자ㆍ고용과 연계된 감면한도를 신설하는 개편안을 마련하였습니다.

감면한도: 지방 투자누계액의 70% + 지방 근무 상시근로자 1인당 1,500만원(청년·서비스업 2,000만원)

(*1) 당진시, 아산시, 원주시, 음성군, 진천군, 천안시, 춘천시, 충주시, 홍천군(내면 제외), 횡성군
(*2) 구미시, 김해시, 전주시, 제주시, 진주시, 창원시, 청주시, 포항시

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후에 공장∙본사를 이전하는 경우부터 적용되며, 2025. 12. 31. 이전에 기존 공장·본사를 철거·폐쇄하는 등 지방이전에 착수한 경우에는 종전 규정을 적용합니다.

마. 세입기반 확충 및 조세제도 합리화

(1) 법인세율 인상

정부는 응능부담의 원칙에 따른 조세부담 정상화 및 안정적 세입기반 확보를 위해 법인세율을 ‘22년 이전 수준으로 환원(1% 인상)하는 개편안을 마련하였습니다.  

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용됩니다.

(2) 프로젝트 리츠에 대한 현물출자 과세특례 신설

정부는 프로젝트 리츠를 통한 부동산 프로젝트파이낸싱(PF) 시장의 안정성 확보를 지원하기 위하여 개인∙법인이 프로젝트 리츠에 토지∙건물을 현물출자한 경우, 현물출자로 발생한 양도차익에 대해 현물출자로 취득한 주식 처분시까지 양도차익을 과세이연하는 특례를 신설했습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 현물출자하는 분부터 적용됩니다.

(3) 외국법인의 연락사무소 현황자료 미제출 시 과태료 신설

외국법인이 외국본사를 위해 광고, 선전, 시장조사, 정보수집 등 예비적∙보조적 활동을 수행하는 연락사무소 설치 후 현황자료 미제출 또는 거짓제출 시 최대 1,000만 원의 과태료를 부과할 수 있는 규정을 신설했습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 제출의무를 불이행하는 분부터 적용됩니다.

2. 시사점

개편안은 AI∙반도체산업, K-문화∙컨텐츠 사업 등 미래전략사업을 지원하고 해외진출기업의 국내 복귀 세제지원을 강화하여 경제산업 대도약을 꾀하고, 지방이전 기업 세제지원 제도를 개선하는 등 지역성장을 지원하는 한편, 법인세율 인상 등을 통해 세입기반을 확충하고 조세 형평성을 제고하는데 기여할 수 있을 것으로 보입니다.

이번 개편안은 법인세 세율을 모든 과표 구간에 걸쳐 1%포인트씩 일괄 인상하는 등 전년도 개편안보다 세입기반 확충 등의 측면이 보다 강조되고 있어, 과세당국이 향후 세무조사 등을 통하여 과세요건을 더욱 엄격하게 적용할 수 있습니다. 이에 효과적으로 대응하기 위해서는 사전 또는 사후에 전문가의 도움을 받아 면밀히 대비할 필요가 있습니다.