정부는 2025. 7. 31. 세제발전심의위원회를 개최하고 ’2025년 세제개편안(이하 ‘개편안’)’을 발표하였습니다.  정부는 주주과세 분야의 경우 고배당기업에 대한 배당소득 분리과세 신설, 양도소득세 이월과세 제도 보완, 국외전출세 과세대상 확대 등을 주요 개정사항에 포함하였습니다.

개편안은 입법예고와 국무회의 등을 거쳐 2025년 9월초 정기국회에 제출될 예정이며, 향후 이러한 입법 과정 및 국회에서의 구체적 논의 경과를 주시할 필요가 있습니다.

1. 주요 개정사항

가. 자본시장 활성화 및 벤처투자 세제지원 강화

(1) 고배당기업에 대한 배당소득 분리과세 도입

정부는 우리 기업들의 낮은 배당성향이 코리아 디스카운트의 한 요인으로 지적되고 있는 점을 고려하여, 고배당기업*으로부터 거주자가 수령한 배당소득을 종합소득 과세(최고세율: 45%) 대상에서 제외하여 분리과세**하는 개편안을 마련하였습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 귀속되는 배당분부터 적용됩니다.

(2) 벤처투자조합의 투자목적회사를 통한 벤처투자 세제지원 신설

현행 제도에 따르면, 벤처투자조합을 통한 벤처투자에 대해 출자자의 유형에 따라 세제 혜택이 부여되고 있습니다.  즉, 개인 및 벤처투자회사는 주식 양도 시 발생하는 양도차익 및 배당소득에 대해 비과세 혜택을, 일반 내국법인은 출자금액의 5%에 대해 세액공제 혜택을 적용받고 있습니다.

이번 개편안을 통해, 벤처투자조합이 100% 출자하여 설립한 투자목적회사(SPC)를 통해 벤처기업에 간접 투자하는 경우에도 기존과 동일한 세제 혜택이 적용되도록 하였습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 벤처투자조합이 투자목적회사(SPC)에 출자하는 분부터 적용됩니다.

(3) 투자∙상생협력 촉진세제 개편

현행 제도에 따르면, 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인이 투자, 임금증가, 상생협력 지출 등으로 환류한 금액이 당기 소득의 일정 비율에 미달하는 경우, 그 미달 금액에 대해 20%의 추가 과세가 적용됩니다.

이번 개편안에서는 기업의 배당을 통한 소득 환류를 촉진하기 위해 환류대상에 배당을 추가하고, 기업이 환류해야 하는 기업소득의 비율도 상향하였습니다.  이에 따라 기업은 배당을 통해서도 환류요건을 충족할 수 있게 되어, 배당에 대한 유인이 한층 강화되었습니다.

*시행령에서 70%로 규정 / ** 시행령에서 15%로 규정

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 소득분부터 적용되며, 적용기한은 2028. 12. 31.입니다.

나. 양도소득 이월과세 적용배제 범위 확대

현재 가족 간 증여 후 양도를 통한 조세회피를 방지하기 위하여 배우자나 직계존비속으로부터 자산을 증여받은 후 10년 이내(주식의 경우 1년 이내)에 양도하는 경우, 증여 당시의 재산가액이 아닌 증여자의 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산하여 과세하는 양도소득세 이월과세제도가 운영되고 있습니다.

현행 제도는 증여자인 ‘배우자’가 사망한 경우에는 이월과세를 적용하지 않고, 증여 당시의 재산가액을 수증자의 취득가액으로 인정하고 있는데, 이번 개편안은 이러한 예외를 ‘직계존비속’의 사망 시에도 동일하게 적용하여 증여자인 직계존비속이 사망한 경우에도 이월과세를 배제하도록 하였습니다.

동 개편안은 2026. 1. 1. 이후 양도하는 분부터 적용됩니다.

다. 세입기반 확충 및 조세제도 합리화

(1) 증권거래세율 인상

증권거래세는 금융투자소득세 도입에 대비하여 단계적으로 인하되어 왔으나 금융투자소득세 도입이 무산됨에 따라 인하된 세율을 유지할 근거가 약해졌다는 지적이 제기되어 왔고, 이에 정부는 증권거래세율을 2023년 수준으로 인상하는 개편안을 마련하였습니다.

[표] 2020년 ~ 2025년 상장주식에 대한 증권거래세율(농어촌특별세 포함)

동 개편안은 해당 증권거래세법 시행령 규정 시행일 이후 양도하는 분부터 적용됩니다.

(2) 주식 양도소득세 대주주 범위 확대

현행 세법상으로는 일정 요건을 충족하는 대주주의 상장주식 양도로 발생한 양도소득에 대해서는 과세표준 3억 원 이하인 경우 20%, 3억 원 초과분에 대해서는 25%의 세율이 적용됩니다.

이번 개편안에서는 종목당 시가총액 기준을 기존 50억 원에서 10억 원 이상으로 하향 조정하여, 대주주 범위를 확대하였습니다.

[표] 상장주식 양도소득세 대주주 기준

동 개편안은 해당 소득세법 시행령 규정 시행일 이후 양도하는 분부터 적용됩니다.

(3) 자본준비금 감액배당 적용범위 합리화

자본준비금 감액배당이란, 회사가 자본잉여금을 재원으로 주주에게 배당금을 지급하는 것으로, 이는 주주의 출자금 환급으로 간주되어 배당소득세는 과세되지 않고 단지 주식의 취득가액이 감액될 뿐입니다. 그 결과 향후 주식 양도 시 양도차익이 증가하고, 과세는 이연되는 구조를 가집니다.

다만, 감액배당액이 주식의 취득가액을 초과하는 경우에는 더 이상 출자금의 환급으로 보기 어려워, 현행 세법은 법인주주에 한해 그 초과분을 배당소득으로 과세하고 있었으나, 이번 개편안은 개인주주 중 상장법인의 대주주 및 비상장법인의 주주(단, 중소·중견기업의 소액주주는 제외)에 대해서도 취득가액 초과분을 배당소득으로 과세하도록 하였습니다.

동 개편안은 해당 소득세법 시행령 규정 시행일 이후 감액배당하는 분부터 적용됩니다.

(4) 국외전출세 과세 대상 확대

이민 등 국외 전출을 통한 조세회피를 방지하고 국내 재산에 대한 과세권을 확보하기 위하여 거주자가 이민 등으로 국외로 전출하는 경우, 보유한 국내주식을 전출일에 양도한 것으로 간주하여 양도소득세를 부과하고 있는바, 이번 개편안은 국외주식 보유가 증가하는 최근 투자환경을 반영하여, 국내주식뿐 아니라 국외주식도 국외전출세 과세대상에 포함시켰습니다.

동 개편안은 2027. 1. 1. 이후 국외 전출하는 경우부터 적용됩니다.

2. 시사점

개편안은 고배당기업에 대한 배당소득 분리과세 도입과 투자∙상생협력 촉진세제 개편 등을 통하여 국내 자본시장을 활성화하고 주주 환원 기조를 강화하며, 벤처투자에 대한 세제지원 강화 등을 통하여 경제활성화를 제고하는 한편, 증권거래세율 환원 및 주식 양도소득세 대주주 기준 환원 등을 통해 세입기반을 확충하고 조세 형평성을 제고하는데 기여할 수 있을 것으로 보입니다.

투자자의 경우 주주 환원 기조 강화에 따라 보유 주식에 대한 배당 가능성이 높아진 반면, 양도소득세 대주주 기준 환원에 따라 주식 양도소득에 대한 과세 가능성도 높아졌으므로 자본소득 과세 전반에 대한 종합적인 검토가 필요할 것으로 보입니다.

아울러, 코리아 디스카운트를 해소하고 시중 유동성을 부동산 시장에서 주식 시장으로 유도하기 위한 정책 마련이 시급하다는 의견이 지속적으로 제기되고 있는 만큼, 이에 적지 않은 영향을 미칠 수 있는 주식 양도소득세 대주주 기준 환원 등에 대해서는 향후 국무회의에서의 조정 또는 국회에서의 논의 과정 등을 지속적으로 확인해 보는 것이 좋겠습니다.

이번 개편안은 전년도 개정안보다 세입기반 확충 등의 측면이 보다 강조되고 있어, 과세당국이 향후 세무조사 등을 통하여 과세요건을 더욱 엄격하게 적용할 수 있습니다.  이에 효과적으로 대응하기 위해서는 사전 또는 사후에 전문가의 도움을 받아 면밀히 대비할 필요가 있습니다.