수도권 과밀억제권역에서 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 법인이 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로 공장 이전 전후의 업종이 동일한 경우에는 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 일정기간 동안 해당 공장에서 발생한 소득에 대하여 법인세의 전액 또는 반액을 감면합니다(조세특례제한법 제63조, 제63조의2, 시행령 제60조 등).
글로벌 체외진단기기 제조회사인 A법인은 2014년 수도권 과밀억제권역 내에 소재한 공장을 수도권 밖으로 이전한 후, 이전 후 공장에서 발생한 소득에 대하여 법인세 등을 감면받았습니다. 그러나 조사청은 A법인에 대한 세무조사를 실시한 후 공장 이전 후 주된 생산제품이 이전 전 생산제품과 다르다는 입장에서 공장 이전 전후의 업종이 동일하지 않다고 보아 감면받은 법인세 약 1,021억 원을 추징하는 세무조사결과를 통지하였습니다(지방소득세 포함시 1,123억 원).
이 사건은 한국표준산업분류에 따른 업종 판단이라는 전문적이고 기술적인 사항이 주된 쟁점이었는데, 세무조사 과정에서 그에 대한 통계청의 불리한 회신 및 가이드북이 있었던 점, 과세사실판단 자문위원회에서 이미 불채택 (기각) 결정이 이루어진 점, 지방이전 전 공장의 3년 조업기간 요건에 관하여 불리한 자료가 있었던 점 등에서 다투기가 쉽지 않은 사안이었습니다.
법무법인(유) 세종은 A 법인의 의뢰를 받아 공장이전 전후 A법인이 생산한 제품들의 생산공정, 물리적 구성, 주요 사용용도, 작동원리 (항원·항체 면역반응기술, 측면흐름기술 등), 관련 제품들에 대한 한국표준산업분류 체계 및 규정 내용, 한국표준산업분류와 HS분류와의 연혁적·논리적 관계, 지방이전 전 공장의 3년 이상의 조업기간 요건 등에 대해 면밀한 법리적, 사실적 분석 및 검토 작업을 수행하였습니다.
위와 같은 분석 및 검토 결과 법무법인(유) 세종은 과세 전 단계에서도 국세청이 세무조사결과 통지의 오류를 정정해 줄 수 있을 것이라는 판단 하에 과세전적부심사청구를 제기하였습니다.
위 절차에서 법무법인(유) 세종은, (i) 공장 이전 전후로 A법인이 제조한 제품의 생산공정과 관련 설비가 동일·유사한 점, (ii) 각 제품의 물리적구성(외형), 주요 사용용도, 진단방법 등이 동일한 점, (iii) 각 제품의 작동원리 및 기술 역시 동일·유사한 점, (iv) 통계청 회신의 전제가 된 사실관계에 착오가 있었다는 점, (v) 이전 전 공장의 생산방식이 제품별로 독립되어 있지 않았기 때문에 제품별로 3년 조업기간 요건을 따지면 안 된다는 점 등을 합리적인 논리와 객관적인 자료에 기초하여 설득력 있게 주장하였습니다.
국세청은 이러한 법무법인(유) 세종의 주장을 받아들여 조사청이 근거로 제시한 통계청 회신 내용에도 불구하고 최종적으로 A법인의 과세전적부심사청구를 채택(인용)하는 결정을 하였고, 그 결과 A법인은 1,123억 원에 달하는 법인세 등의 추징을 면하게 되었습니다.
이 사건은, 업종 판단이라는 전문적이고 기술적인 부분 및 감면 요건에 대한 치밀한 분석과 검토를 기초로 국세청을 설득할 수 있는 논리를 개발하고 이를 뒷받침할 수 있는 충분한 근거를 제시함으로써, 과세 전 단계에서 국세청 스스로 세무조사결과 통지를 취소하도록 하였다는 점에서, 법무법인(유) 세종의 조세불복 수행 역량과 전문성을 다시 한번 보여준 사례라 할 것입니다.
본건 관련한 질문은 김현진 변호사(02-316-4246, hjikim@shinkim.com, 010-9010-3871)에게 연락해 주시기 바랍니다.
