A사는 수입한 원유를 정유공정에 투입하여 각종 석유제품을 생산하는 과정에서 발생한 연료가스(Fuel Gas)를 다시 정유공정에 연료로 투입하여 사용하였고, 생산된 나프타를 석유화학공정의 원료로 투입하여 각종 석유화학제품을 생산하는 과정에서 발생한 수소(H2)를 다시 정유공정의 탈황작용에 촉매로 사용하였는데, 감사원은 A사가 원유 수입시 납부한 석유수입판매부과금(이하 ‘부과금’)에 대한 환급을 신청하는 과정에서 자율소요량을 계산시 위 연료가스나 수소를 제품의 총량에 포함시키지 않아 단위소요량이 과다하게 산출되었고 이를 통하여 A사가 과다하게 부과금을 환급받았다고 지적하였고, 이에 한국석유공사는 A사를 비롯한 국내 대형 정유사들에게 과다환급 되었다고 판단 한 부과금을 환수하는 처분을 하였습니다.
위 환수처분에 대해서 A사를 비롯한 각 정유사들은 취소소송을 제기하였고, 이에 대해서는 대법원이 2016. 10. 26. 위 환수처분이 부과금 환급기준을 정한 「석유 및 석유대체연료의 수입·판매부과금의 징수, 징수유예 및 환급에 관한 고시」(2008. 12. 29. 지식경제부 고시 제2008-244호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 산자부 고시’라 합니다)의 규정을 부당하게 확장·유추해석한 위법한 처분이라는 이유로 전부 취소한다는 판결이 선고되었습니다(대법원 2014두12017 판결 등, 이하 ‘환수처분 취소판결’이라 합니다).
한편, A사는 위 한국석유공사의 환수처분 이후부터 2009. 4. 1.까지 감사원 감사결과에 따라 연료가스나 수소를 부산물로 취급하여 과소하게 환급신청을 하였으나, 구 산자부 고시가 지식경제부 고시 제2008-244호(이하 ‘개정 산자부 고시’라 합니다)로 개정되어 2009. 4. 1. 실질적으로 적용되기 이전까지의 물량에 대해서는 과소하게 환급을 신청할 이유가 없다고 보아 한국석유공사에 추가환급신청을 하였고, 한국석유공사가 이를 불허하여 환급거부처분을 하자, 해당 환급거부처분에 대해서도 취소소송을 제기하였습니다.
같은 사안으로 소송을 제기하였던 다른 정유사의 사례에서, 대법원은 위 환수처분 취소판결과 동일한 논리로 정유사들에 대한 환급거부처분 역시 위법하다는 판결을 선고하였습니다(대법원 2015두39454 판결 등, 이하 ‘환급거부처분 취소판결’이라 합니다).
본 사건은 A사가 1심에서 전부 승소하였고 이에 한국석유공사가 항소를 제기한 사건인데, 항소심 도중 위 대법원 판결들이 선고·확정됨으로써 자율소요량 산정방식에 관한 주된 쟁점에 관해서는 더 이상 큰 다툼이 발생하지 않았습니다. 다만, 항소심에서는 A사의 연료가스에 관한 환급신청분 중 앞부분 일부(2008. 9. 및 10.분)가 5년의 제척기간을 도과하여 이루어진 것인지, 뒷부분 일부(2009. 1. 내지 3.분)가 개정 산자부 고시의 적용을 받는 것인지 구 산자부 고시의 적용을 받는 것인지가 주된 다툼의 대상이 되었습니다.
이와 관련하여 법무법인 세종은, 1) 제척기간 도과의 쟁점에 관해서는, 구 석유사업법 시행령 제27조 및 구 산자부 고시 제27조 제1항의 해석상 부과금 환급신청권은 해당 석유제품의 공급일 자체가 아닌 정유사가 현실적으로 환급을 신청할 수 있는 시점인 공급일 다음 달의 1일이라는 점 및 한국석유공사의 주장에 따를 경우 부당하게 법령이 정한 5년의 제척기간을 4년 11개월로 축소하는 결과가 되어 부당하다는 점을 주장하였고, 항소심 법원이 이를 받아들여 환급신청권의 제척기간의 기산점을 “환급사유 발생일(공급일)”이 아닌 “환급사유 발생일 다음 달 1.”로 판단하기에 이르렀습니다. 또한 2) 개정 산자구 고시 제27조 제4항의 적용시점에 대한 쟁점에 관해서는, 개정 산자부 고시의 시행시기가 2009. 1. 1.로 되어 있다 하더라도 실제 자율소요량 산정에 필요한 소요량 신고서(별지 제10호 서식)의 경우는 개정 산자부 고시에 따르더라도 최초 제출시기가 2009. 3. 31.이 될 수밖에 없고, 따라서 작용시점도 2009. 4. 1.부터 1년간이 될 수밖에 없다는 점을 주장하여, 이 역시 항소심 법원이 받아들여 2009. 1. 내지 3.분 환급신청 물량에 대해서는 개정 산자부 고시가 아닌 구 산자부 고시가 적용되고 따라서 이 부분 한국석유공사의 거부처분 역시 위법하다는 판결을 이끌어 내었습니다.
본 판결은 석유수입부과금 환급금 환수처분 및 환급거부처분에 관한 기존 대법원 판결의 취지를 확인함과 동시에, 추가로 부과금 환급신청권의 제척기간의 기산점과 개정 산자부 고시의 실질적인 적용시점에 관하여 보다 구체적인 판단을 내렸다는 점에서 향후 정유사들의 석유수입부과금에 관한 업무처리에 유의미한 지침이 될 수 있는 판결이라 하겠습니다.
