의뢰인 회사(피고 보조참가인)는 미국법인이 보유한 상표권을 사용하기 위하여 미국법인과 라이선스계약을 체결하였는데, 미국법인은 대한민국 내에서 상표권 관련 업무의 수행을 위하여 대리인을 통하여 별도의 국내 대리인인 원고 회사를 선임하였습니다.  원고 회사는 의뢰인 회사로부터 상표권 사용료를 지급받아 그 중 자신의 수수료를 공제한 나머지 사용료를 미국법인의 대리인에게 송금하면서, 수수료를 공제한 나머지 사용료에 대하여 미국법인 대리인의 소재국과 대한민국 사이에 체결된 조세조약에 따른 세율을 적용하여 법인세 등을 원천징수하였습니다.  과세관청(피고)은 원고 회사가 법인세법에 따른 원천징수의무자에 해당하고, 원고 회사의 수수료를 공제하기 전 사용료 총액을 기준으로 미국법인 소재지인 한미조세조약상 원천징수세율이 적용되어야 한다고 보아, 원고 회사에 대하여 법인세부과처분을 하였습니다.  이러한 상황에서 원고 회사는 자신이 원천징수의무자가 아니라고 주장하며 법인세부과처분의 무효 확인을 구하는 이 사건 소송을 제기하였고, 의뢰인 회사는 원고 회사가 원천징수의무를 부담하지 않는다고 판단될 경우 의뢰인 회사가 원천징수의무를 부담하게 된다는 이유로 이 사건 소송에 보조참가를 신청하였습니다.

이 사건 소송에서, 법무법인 세종은 의뢰인 회사를 대리하여 1) 원고 회사가 법인세법상 원천징수의무자를 대리하거나 위임을 받은 자로서 미국법인에 지급된 상표권 사용료의 원천징수의무를 부담한다는 점, 2) 원천징수의무자를 대리하거나 위임을 받은 자에 해당하지 않는다고 하더라도 외국법인에 대하여 국내원천소득을 지급한 자로서 원천징수의무를 부담한다는 점 등을 주장하였습니다.  특히 법무법인 세종은 여러 차례의 서면 공방과 변론을 통하여, 라이선스계약의 체결 경위나 내용에 비추어 볼 때 원고 회사가 의뢰인 회사로부터 원천징수의무를 대리하거나 위임을 받았다고 충분히 해석될 수 있다는 점, 원고 회사가 과거 스스로 원천징수의무를 이행한 정황 등에 의하면 최소한 원천징수의무의 대리 또는 위임에 대한 묵시적인 합의가 있다고 볼 수밖에 없다는 점을 강변하였고, 그러한 주장의 타당성이 받아들여져 법인세부과처분 중 원천징수의무의 대리 또는 위임을 허용하는 법인세법 제98조 제11항이 규정된 이후의 처분에 대한 원고의 청구를 기각하는 판결이 선고되었습니다.

이 사건은, 법인세법상 ‘원천징수의무자를 대리하거나 위임을 받은 자’의 판단과 관련하여, 원천징수의무자와 대리 또는 위임을 받은 자 사이에 명시적인 대리 또는 위임계약이 체결되지 아니하였다고 하더라도, 관련된 계약의 해석이나 계약이 체결된 경위, 원천징수의무가 이행되어온 정황에 비추어 볼 때 원천징수의무자로부터 대리 또는 위임을 받았다고 볼 수 있다면 그 대리 또는 위임을 받은 자가 원천징수의무를 부담하는 것이라는 판결을 이끌어 낸 것으로서, ‘원천징수의무자를 대리하거나 위임을 받은 자’에 대한 대법원 판례의 해석을 구체화하였다는 데에 의미가 있다 할 것입니다.