서울특별시는 2007년 경 SH공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 공동주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 SH공사가 기존에 적용하던 면세 비율 산정 방식과는 달리 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세’는 면세(조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제2호)가 적용된다는 결론을 내리고, SH공사로 하여금 위와 같이 산정된 면세 비율을 적용하여 시공사들과 변경계약을 체결하도록 지시하였습니다.

서울지방국세청장은 2013년 경 SH공사에 대한 세무조사 과정에서 도시개발사업지구 내의 택지조성공사, 조경공사 등은 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 것으로서 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제2호에 따른 부가가치세 면세 특례가 적용되지 않는다는 이유로 SH공사로부터 택지조성공사, 조경공사 등을 도급받아 시공한 40여 개의 건설회사에 대하여 면세 적용 부분에 대한 부가가치세 및 이에 대한 가산세를 부과하는 처분을 하였습니다.

저희 법무법인 세종은 SH공사로부터 택지조성공사를 도급받아 시공한 A건설사를 대리하여 위와 같은 처분의 취소를 구하는 행정소송을 진행하였습니다. 위 사건의 제1심 재판부는 A건설사가 위 택지조성공사를 국민주택 건설용역에 필수적이거나 부수하여 제공하는 것이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였고, A건설사는 서울특별시의 지침 및 SH공사의 요구에 따라 변경계약을 체결하게 된 것이며, A건설사는 SH공사로부터 부가가치세를 거래징수하여 납부하는 지위에 있을 뿐 부가가치세 납부여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것이 없었다는 점 등을 들어 A건설사가 부가가치세를 신고•납부함에 있어 A건설사의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아 과세관청의 가산세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였습니다.

이 판결은 2013년 경 SH공사에 대한 세무조사에 따라 부가가치세 및 가산세 부과처분을 받은 40여 개의 건설사 중 나머지 건설사들에 관하여는 서울행정법원을 포함한 각 제1심 관할법원이 청구기각 판결을 선고해 오던 중 최초로 가산세 부분의 취소를 선고한 판결이라는 점에 그 의의가 있다 할 것입니다.