S사는 2007. 4. 26. C사와 석유제품 공급계약을 체결하고 같은 해 5.경부터 유류를 공급하여 왔습니다. S사는 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 C사에 공급가액 약 66억원의 유류를 공급한 것으로 하여 세금계산서를 발행하고 이를 매출세액에 포함하여 부가가치세를 신고하였습니다.

한편 C사는 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 S사로부터 공급가액 약 60억 상당의 유류를 공급받은 것으로 하여 세금계산서를 교부받고, 같은 기간 동안 K사에게 위와 동일한 공급가액의 유류를 공급한 것으로 하여 세금계산서를 교부한 후, 이를 매입세액과 매출세액에 포함하여 부가가치세를 신고하였습니다. 그러나 실제 C사와 K사 사이에는 실물거래가 없었고, C사는 오직 실제 매입자인 K사를 대신하여 매입주문만을 대행하여 준 것에 불과한 것으로 밝혀졌는바, 그에 따라 의정부세무서장은 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2009. 6. 1. 및 2010. 6. 1. C사에 대하여 각 2007년 2기분 부가가치세(세금계산서부실기재가산세) 약 6,000만원을 결정,고지하였고, 위 처분은, C사가 의정부세무서장에 대하여 제기한 부가가치세부과처분취소청구의 소에서 C사의 청구가 기각됨으로써 2012. 5. 24. 확정되었습니다.

이에 대하여 중부세무서장도 S사가 20007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 C사에 공급한 약 66억원의 유류 중 약 58억원은 사실상 C사가 아니라 K측 무자료 유류판매상이 매입한 것으로 판단하고, 해당 금액에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2012. 7. 3. S사에 대하여 2007년 2기분 부가가치세 약 5,800만원을 결정,고지하였습니다. S사는 위 부가가치세부과처분에 대한 취소청구의 소를 제기하였습니다.

소송과정에서 중부세무서장은, 해당 기간 동안 S사의 C사에 대한 공급 유류물량이 C사의 시설규모에 비하여 비정상적으로 증가하였고, 유류 거래가격도 타 업체보다 높은 수준이었으며, S사와 C사 간 거래금액 중 약 88%의 금액분이 사실과 다른 세금계산서로 확인되었고, S사는 약 50년 간 유류사업을 지속한 업체로서 이러한 변칙적이고 불법적인 거래행태가 존재한다는 사실을 잘 알고 있었을 것이므로, 본건 세금계산서 발행에 있어서 선의, 무과실의 점이 인정되지 않는다고 주장하였습니다.

이에 대하여 법무법인 세종은, 1)여러 근거를 제시하여 C사의 주문물량과 단가가 지극히 정상적이라고 주장하였으며, 2)C사에게 공급하는 유류는 자가수송차량에 의해 운반되어, 그 소유권 및 위험부담은 유류공급계약상 저유시설 설비의 연결점을 통과함으로써 이전된다고 주장하였고, 3) C사 간 거래 대부분의 실제 유류 공급처가 상이하다는 점은 S사의 선의, 무과실 판단과 전혀 무관하고, 이는 오직 S사의 악의가 확인된 후 사건의 경중에 관한 문제라는 사실 등을 주장하였습니다.

이 사건은, 거래 상대방에게 속아 선의, 무과실로써 가공세금계산서를 발행하게 된 다수의 석유공급업체에 대하여 가산세 부과에 있어서의 일정한 구제책의 방향을 제시해 주었다는 데에 그 의미가 있다고 할 것입니다.